Igienizarea circuitului aparatului de aer condiționat este foarte importantă deoarece acesta este un mediu propice pentru dezvoltarea bacteriilor. Curățarea se face foarte ușor, cu ajutorul unor spray-uri dezinfectante care se aplică atunci când aparatul este oprit și scos din priză pentru evitarea unor eventuale accidente.
În plus, se recomandă scoaterea și curățarea filtrelor unității interioare, lucru care se face foarte ușor prin deschiderea capacului de protecție și scoaterea filtrelor. Acestea se vor spăla cu apă și diferite substanțe de curățat, dar care să nu fie atât de puternice încât să deterioreze materialul.
Curățarea exteriorului unității interioare este și ea necesară, din cauza prafului ce se strânge pe această care apoi este împrăștiat în casă de curentul de aer. Aceasta se poate șterge cu o cârpă umedă sau cu soluții pentru curățat obiecte din plastic.